CRAN包装取决于Bioconductor包装安装错误

2018-06-21 09:19:04

我管理取决于，建议和导入描述文件。最后我将我的软件包提交给CRAN 。但是在安装封装时，它仅安装放置在CRAN下的封装，不用于bioconductor封装。此外，它还具有Mac OS的程序包依赖性错误：检查Mac OS的日志

可能是什么问题呢？我该如何修复它？

亲切的问候，

没有任何机制可以通过R（默认情况下，默认情况下，Bioconductor可以从Bioconductor安装install.packages()安装.packages install.packages() ，如果BioC具有repo基础结构以允许它在正确调用时没有检查。 [查看Martin Morgan的评论（下文），其中可以找到有关如何配置R的说明，以便可以从Bioconductor存储库安装install.packages() 。]

要安装Bioconductor软件包通常可以：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

这需要独立于install.packages() 。

Mac OS X检查错误可能是该特定服务器上的配置错误。正如@DWin所说的，你应该把它与CRAN结合起来，以解决特定问题的根源。据我所知，CRAN应该安装所有的Bioconductor软件包。

在R 3.0.2中，以下工作：

setRepositories(ind=1:2)

在撰写本文时，值ind可以取值为1到8之间的矢量，其含义如下：

1:   CRAN
2:   BioC software
3:   BioC annotation
4:   BioC experiment
5:   BioC extra
6:   Omegahat
7:   R-Forge
8:   rforge.net

这个列表是通过调用setRepositories(graphics=F) ，它也允许以交互方式选择要从中安装的存储库。

这没有记录在任何地方，但诀窍是你添加一行说biocViews:在你的DESCRIPTION文件（是的，它以冒号结尾，然后不需要列出任何东西，你可以保持空白）。然后R将知道检查bioconductor存储库的包装要求。

链接地址: http://www.djcxy.com/p/60063.html

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