为什么从rmarkdown渲染pdf需要在渲染之间关闭rstudio？

2018-06-11 16:20:46

背景

我正在尝试使用render()渲染一个rmarkdown文档。 render调用有两个参数化元素：

我希望用户能够指定pdf或html。直接使用output_format() 。

我也想传递一个参数给文档来指定表（使用kableExtra包）是乳胶还是html。

这是名为test.Rmd的rmarkdown文件

---
title: "Title"
author: "Zzz Zzzzzz"
params:
  table_format:
    value
---

```{r setup}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(kableExtra)

options(knitr.table.format = params$table_format) 
```

## Test table

```{r cars}
if (params$table_format == "latex"){
kable(iris[1:100,], booktabs = T) %>%
  kable_styling(latex_options = c("scale_down")) 
}

if (params$table_format == "html"){
kable(iris[1:100,]) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))  %>%
  scroll_box(width = "500px", height = "600px")
}


params$table_format
```

现在，这里有两个调用来渲染文件：

rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "pdf_document", params = list(
  table_format = "latex"
))


rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "html_document", params = list(
  table_format = "html"
))

问题

现在，如果我打开一个新的rstudio会话，我可以运行这两个render调用没有问题。 .pdf或.html文件被创建。但是，如果我然后尝试再次运行.pdf渲染，我得到以下错误：

“C：/ Program Files / RStudio / bin / pandoc / pandoc”+ RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output test.pdf --template“ C： Users salbers R win-library 3.4 rmarkdown rmd latex default-1.17.0.2.tex“ - highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics = yes --variable “几何：边距= 1英寸”！未定义的控制顺序。 begin {tabular} {rrrrl} toprule Sepal.Length＆Sepal.Width＆Pet ... l.267 end {tabular}}

pandoc.exe：生成PDF错误错误：pandoc文档转换失败，错误43此外：警告消息：运行命令'“C：/ Program Files / RStudio / bin / pandoc / pandoc”+ RTS -K512m -RTS test.utf8。 md --to latex - from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output test.pdf --template“C： Users salbers R win-library 3.4 rmarkdown rmd latex default-1.17。 0.2.tex“ - 高光风格的探戈-latex-engine pdflatex - 变量图形= yes - 变量”geometry：margin = 1in“'的状态为43

html渲染一次又一次地正常工作。如果我关闭rstudio，然后运行该项目，PDF的渲染也很好。

题

任何人都可以告诉我，为什么我的pdf渲染的rmarkdown文档不能在rstudio的单个会话中呈现两次？

同样，为什么rstudio必须在渲染之间关闭？

嗯，让我先发布解决方案。为了解决这个问题，你需要在你的yaml部分放置下面的东西。我还在本周早些时候在dev版本中添加了一个函数kableExtra_latex_packages() ，以提出以下文本。

header-includes:
  - usepackage{booktabs}
  - usepackage{longtable}
  - usepackage{array}
  - usepackage{multirow}
  - usepackage[table]{xcolor}
  - usepackage{wrapfig}
  - usepackage{float}
  - usepackage{colortbl}
  - usepackage{pdflscape}
  - usepackage{tabu}
  - usepackage{threeparttable}
  - usepackage[normalem]{ulem}

如果你很好奇为什么会有这种奇怪的行为，下面是一个简短的解释。当您第一次在rmarkdown kableExtra中加载kableExtra时，它会尝试使用此包中随附的usepackage_latex()函数将上面的LaTeX包信息放入rmarkdown元数据中。如果你只是点击编织按钮，它会很好地工作，因为每个“编织+渲染”过程应该是孤立的。然而，令人惊讶的是（顺便提一下，我们在这里看到它），如果你试图从控制台渲染，由于（我的假设）knitr或rmarkdown正试图重新使用一些缓存结果，所以这个过程无法复制。事实证明，这些LaTeX软件包的依赖关系没有被放入正在生成的tex文件中，并最终出现错误。如果关闭RStudio并重新启动它，当然，它所拥有的临时内存将会消失，您应该能够再次加载这些程序包。我觉得它可能是一个全球变量相关的bug，我想我们可以通过在render函数的末尾添加“忘记元”部分来修复它，但我需要查看它。

部分原因是我没有在以前版本中使用的LaTeX软件包中提供足够的文档。现在，我在本周早些时候发布的kableExtra 0.5.0包装小插图的最开始部分添加了关于此问题的新部分。随时检查一下。另外，如前所述，在当前的开发版本中，您可以使用函数kableExtra_latex_packages()出列表。

在我的情况下，@Hao答案没有奏效......我终于在每次渲染执行后卸载了kableExtra包，如下所示：

rmarkdown::render('torender.Rmd')
detach("package:kableExtra", unload=TRUE)

应该也可以使用类似的东西来选择环境

rmarkdown::render('torender.Rmd',envir=new.env(some parameters))

这是更清洁....但我没有这样管理！

链接地址: http://www.djcxy.com/p/33477.html

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