素食主义者:RDA中的重要轴线
我有一个植物信息学相关数据框架:
我使用vegan
函数rda(matrix ~ 1)
在其上运行RDA。 现在我拥有排序summary(rda)$sites
的坐标轴,但是如何找出它们中哪些是重要的?
而且我的进一步问题是,如果我使用不同的排序方法,这些方法会不同吗?
谢谢你的注意和安格斯。
就我个人而言,我会说没有办法。 但是,有些人提出了找出非重要坐标轴数量的方法。 其中一些是在素食主义者github问题中讨论的。 我个人的经验是,这些方法中的很多方法效果不佳:如果我用定义的维数+随机误差生成数据,则方法无法找到已知数量的轴。 不过,其中许多方法都很容易实现(尽管我们还没有在素食主义者中实施它们)。 请参阅上面的链接。
您的标题询问PCoA,但您的示例使用RDA。 然而,类似的方法适用于两者(或者我认为两者都失败)。
链接地址: http://www.djcxy.com/p/30895.html