使用texreg获取lme4对象的标准错误

我一直在使用梦幻般的包texreg来从lme4模型中生成高质量的HTML表格。 不幸的是,默认情况下,texreg在lme4模型的系数下创建置信区间,而不是标准误差(参见JSS论文第17页)。

举个例子:

library(lme4)
library(texreg)
screenreg(lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy))

产生

Computing profile confidence intervals ...
Computing confidence intervals at a confidence level of 0.95. Use argument "method = 'boot'" for bootstrapped CIs.

===============================================
                               Model 1         
-----------------------------------------------
(Intercept)                     251.41 *       
                               [237.68; 265.13]
Days                             10.47 *       
                               [  7.36;  13.58]
-----------------------------------------------
AIC                            1755.63         
BIC                            1774.79         
Log Likelihood                 -871.81         
Deviance                       1743.63         
Num. obs.                       180            
Num. groups: Subject             18            
Variance: Subject.(Intercept)   612.09         
Variance: Subject.Days           35.07         
Variance: Residual              654.94         
===============================================
* 0 outside the confidence interval

我更喜欢看到这样的事情:

Computing profile confidence intervals ...
Computing confidence intervals at a confidence level of 0.95. Use argument "method = 'boot'" for bootstrapped CIs.

===============================================
                               Model 1         
-----------------------------------------------
(Intercept)                     251.41 *       
                                (24.74)
Days                             10.47 *       
                                 (5.92)
-----------------------------------------------
[output truncated for clarity]

有没有办法来克服这种行为? 就我所知,使用ci.force = FALSE选项不起作用。

我坚持使用texreg,而不是像stargazer这样的其他软件包之一,因为texreg允许我将系数组合为有意义的组。

在此先感谢您的帮助!

(更新:编辑包含一个例子)


使用naive=TRUE接近你想要的...

library(lme4); library(texreg)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
screenreg(fm1,naive=TRUE)

## ==========================================
##                                Model 1    
## ------------------------------------------
## (Intercept)                     251.41 ***
##                                  (6.82)   
## Days                             10.47 ***
##                                  (1.55)   
## ------------------------------------------
## [etc.]

我不知道你从哪里得到了24.94,5.92的价值?

sqrt(diag(vcov(fm1)))
## [1] 6.824556 1.545789

cc <- confint(fm1,which="beta_")
apply(cc,1,diff)/3.84
## (Intercept)        Days 
##    7.14813     1.61908

基于缩放配置文件置信区间的隐含标准错误稍微宽一些,但没有太大差异。

我不知道如何轻松做到的是根据配置文件置信区间获取重要性测试/明星,同时仍然在表中获得标准错误。 根据?texregci.test条目,

  • 当打印配置项时,如果置信区间不包含零,则texreg打印一颗星
  • 当打印SE时,它会根据p值的大小打印标准星号
  • 链接地址: http://www.djcxy.com/p/25001.html

    上一篇: Getting standard errors for lme4 object with texreg

    下一篇: Regression tables in Markdown format (for flexible use in R Markdown v2)